Das Kloster Clairvaux in Burgund unter seinem Abt Bernhard war das geistige Zentrum der Zisterzienser, zu dem Eberbach als „filia“, als Tochter, in direkter Verbindung stand.

Eberbach ist neben Himmerod in der Eifel das einzige Tochterkloster des Klosters Clairvaux in Deutschland. 1136 kamen der spätere Abt Ruthard und 12 weitere Zisterziensermönche aus Clairvaux in das Rheingauer Kisselbachtal, um dort ein Kloster zu gründen. Der Mainzer Erzbischof Adalbert unterstützte die Zisterzienser in ihrem Vorhaben durch Besitzschenkungen und die Verleihung von Privilegien.

Schenkt man der Gründungslegende Glauben, dann war es der hl. Bernhard von Clairvaux persönlich, der zusammen mit dem damaligen Mainzer Erzbischof Adalbert I. (1110 - 1137) das etwas abgelegene Kisselbachtal im Rheingau aufsuchte.

Ein wilder Eber soll plötzlich aus dem Wald gekommen sein und vor ihren Augen mit seinem Rüssel gleich einer Pflugschar den Boden aufgebrochen haben, um so den zukünftigen Klosterbezirk zu begrenzen.

Der Mönchsorden der Zisterzienser war aus einer Reformbewegung innerhalb der Benediktiner hervorgegangen. Die Zisterziensermönche wollten sich von der herrschaftlichen Lebensweise vieler Benediktinermönche absetzen. Ihr Ziel war die Rückbesinnung auf die „reine Regel“ des heiligen Benedikts von Nursia (ca. 480 - 547), des Begründers des Benediktinerordens. Sie wollten nicht länger von der Arbeit der Knechte und Pächter leben, sondern ganz im Sinne des hl. Benedikts von ihrer eigenen Handarbeit; den Grund und Boden, den sie besaßen, wollten sie wieder selbst bearbeiten. In ihrer Ordensregel, der „Charta Caritatis“, heißt es dazu: „Die Mönche unseres Ordens müssen von ihrer Hände Arbeit, Ackerbau und Viehzucht leben. Daher dürfen wir zum eigenen Gebrauch besitzen: Gewässer, Wälder, Weinberge, Wiesen, Äcker, sowie Tiere...“

Doch schon bald mußten die Zisterzienser ihre strengen wirtschaftlichen Grundsätze aufgeben und sich im Verlauf des 13. und 14. Jahrhunderts mehr und mehr der in ihrer Umwelt üblichen Wirtschaftsweise anpassen.

Das zisterziensische Ideal der Armut vertrug sich aber nicht allzu gut mit dem wirtschaftlichen Elan der Zisterzienser. Die erwirtschafteten Gewinne ließen den Besitz der Klöster rapide ansteigen.

Vor allem der Weinbau war es, der den Zisterziensern ihren Wohlstand bescherte: Kloster Eberbach ist das Paradebeispiel für ein Zisterzienserkloster, das sich ganz dem Weinbau verschrieben hat. Eberbach wurde, immer unterstützt vom Mainzer Erzbischof als Landesherrn, das Wirtschaftszentrum des Rheingaus schlechthin, gestützt auf die gewinnbringende Weinwirtschaft. Die Mönche erzielten mit dem Verkauf ihrer Weine immense Gewinne. Eine eigene klösterliche Rheinflotte beförderte den von jeglichen Zollzahlungen befreiten Wein direkt zu den Weinmärkten der Städte, vor allem nach Köln, dem deutschen Weinhandelszentrum dieser Zeit.
    
Im Verlauf des Bauernkriegs wurde das Kloster im Jahre 1525 von den Aufständischen des Rheingaus geplündert. Noch ärger kam es für die Eberbacher Mönche dann im Verlauf des Dreißigjährigen Krieges. Von 1632 bis 1635 mußten sie ihr Kloster verlassen, denn die Schweden besetzten den ganzen Rheingau, und König Gustav II. Adolf wies das Kloster seinem Kanzler Oxenstierna zu. Im Sommer 1635 vertrieb die katholische Liga die Schweden, und die Zisterzienser konnten zurückkehren. Gegen Ende des 17. Jahrhunderts hatte sich Eberbach wirtschaftlich dann wieder etwas erholt und erlebte im 18. Jahrhundert noch einmal eine wirtschaftliche Blütezeit, bevor die Koalitionskriege im Anschluß an die Französische Revolution den Niedergang Eberbachs herbeiführten.

Am 18. September 1803 erließ Fürst Friedrich August von Nassau-Usingen das Aufhebungsdekret, und Abt Leonhard mußte mit seinen Brüdern das Kloster verlassen.

In der Zeit danach dienten die Gebäude des Klosters als Irrenanstalt, als Gefängnis, als Militärkrankenhaus und als Schule. Erst in den zwanziger Jahren des vergangenen Jahrhunderts besann man sich wieder auf die Geschichte des Klosters und plante den Erhalt dieses Denkmals mittelalterlicher Baukunst. Erste Restaurierungsarbeiten begannen zwischen 1930 und 1938.

Heute beherbergt das ehemalige Kloster die Stiftung Kloster Eberbach. Seit 1986 wird die gesamte Klosteranlage einer Generalsanierung unterzogen.